Zoals hierboven vermeld, moet het microbioom in evenwicht zijn om goed te kunnen functioneren. Helaas zijn er tal van intrinsieke en extrinsieke factoren die de balans kunnen doen doorslaan in het voordeel van de ziekteverwekkers. Voorbeelden van intrinsieke factoren zijn iemands leeftijd, genetische opmaak en gezondheid. Het verouderingsproces zorgt ervoor dat het lichaam minder zweet en olie produceert, die de nuttige micro-organismen van het microbioom nodig hebben om in leven te blijven.

Het gebrek aan voldoende toevoer van dergelijke voedingsstoffen heeft een negatieve invloed op het microbioom, waardoor het minder goed in staat is zijn taak, het beschermen van het lichaam tegen ziekteverwekkers, effectief uit te voeren. Als de barrièrefunctie van de huid verzwakt, wordt de huid droog, schilferig en geïrriteerd, wat een reactie van het immuunsysteem van het lichaam uitlokt die leidt tot huidontsteking. Ook iemands genetische aanleg kan de samenstelling en diversiteit van het huidmicrobioom zodanig beïnvloeden dat het microbioom niet in balans is en/of blijft. De gezondheid van een individu speelt ook een belangrijke rol in het goed functioneren van zijn huidmicrobioom. Een slechte gezondheid en/of ziekte zal ook een negatieve invloed hebben op de samenstelling en het evenwicht van het microbioom door onnodig bepaalde biologische processen in gang te zetten die verband houden met het immuunsysteem van het lichaam en die leiden tot overmatige ontsteking en een verschuiving in het microbioomevenwicht.

Voorbeelden van extrinsieke factoren zijn het klimaat waarin iemand leeft en de persoonlijke hygiënische routine. Wat het klimaat betreft, of het nu warm, koud, droog, vochtig of een combinatie daarvan is, deze variaties zullen de samenstelling en het evenwicht van het microbioom beïnvloeden. Blootstelling aan buitensporige hoeveelheden UV-straling en verontreinigende stoffen zal de huid aantasten (bijv. zonnebrand), waardoor het microbioom uit balans raakt en vatbaarder wordt voor aanvallen van vreemde ziekteverwekkers.Wat persoonlijke hygiëne betreft, realiseren maar weinig mensen zich welke invloed dit heeft op de microben die hun huid koloniseren. Zo kan het wassen van het gezicht al een dramatisch effect hebben op het microbioom. Niet alleen worden microben fysiek van het huidoppervlak verwijderd door het wassen zelf, maar afhankelijk van het type reinigingsmiddel dat wordt gebruikt, kan ook de pH-waarde van de huid ongunstig worden beïnvloed. Gunstige microben hebben een zuur milieu nodig om te overleven en te gedijen. De buitenkant van de huid heeft een pH-waarde van ongeveer 5 (zuur). Het gebruik van een alkalisch product (pH-waarde ongeveer 8 of hoger) om de huid te reinigen, zal op zijn beurt de pH-waarde van het huidoppervlak verhogen tot een meer alkalisch niveau, waardoor kolonies van nuttige microben, die in een dergelijke omgeving niet kunnen overleven, worden aangetast. Ook het aanbrengen van cosmetische producten die meer alkalisch van aard zijn vanwege de ingrediënten die ze bevatten, verhogen de pH-waarde van het huidoppervlak, waardoor het microbioom uit balans raakt.